Подбор микросателлитных локусов ДНК для создания молекулярно-генетических паспортов диких форм и сортов сои амурской селекции

Аннотация

В настоящее время оценка генетического разнообразия сортов сельскохозяйственных культур и идентификация селекционного материала эффективно проводятся с использованием различных молекулярно-генетических маркеров. Микросателлитные маркеры (Simple Sequence Repeat, SSR) более широко используются для оценки генетического разнообразия, чем белковые, поскольку достаточно высоконадежны, локус-специфичны, воспроизводимы, имеют высокий уровень полиморфизма, доминантны и не подвержены влиянию окружающей среды. Сорта сои ФГБНУ ФНЦ ВНИИ сои ранее не были исследованы по локусам ДНК. Цель данной работы – подбор информативных праймеров, оптимальных условий ПЦР, выявление стабильного, воспроизводящегося полиморфизма амплифицированных фрагментов ДНК и создание системы молекулярных маркеров для дальнейшей идентификации и паспортизации диких форм, сортов, линий и гибридов сои селекции ФНЦ ВНИИ сои. Материалом исследования служили 7 сортов сои амурской селекции – Кружевница, Сентябринка, Веретейка, Лидия, Умка, Золушка, Лазурная (2020 г.) и 3 формы дикой сои – КА-342, КБел-72, КБл-24 (2019 г.). Геномную ДНК выделяли из 7-дневных проростков сои с использованием готового набора реагентов для выделения геномной ДНК из растений (ООО «Синтол»). Подобраны 11 пар SSR-праймеров с оптимальной температурой отжига от 45 до 60 ^оС. Четыре праймера не гибридизировались с матричной ДНК, несмотря на оптимизацию процесса, локус Soypr1 был мономорфным. Выявлены уникальные наборы аллелей, различия наблюдались по одному локусу и более. У четырех полиморфных локусов (Sattl, Satt5, Sat36 и Soyhspl76) обнаружено по два аллеля, у локусов Satt2 и Satt9 – по три. Среднее число аллелей на локус составило 2,14. Значения эффективного числа аллелей варьировали от 1,00 до 2,78 со средней величиной 1,66. Значения PIC находились в диапазоне 0,18–0,63 со средней величиной 0,34. Полученные величины характеризуют полиморфизм исследованных образцов коллекции как средний. Методом ПЦР-анализа отобраны шесть локусов, выявляющих стабильный, воспроизводящийся полиморфизм фракций амплифицированной ДНК, что позволяет использовать их для сертификации и молекулярно-генетической паспортизации сортов сои.